O INA tem vindo a celebrar diferentes protocolos de colaboração com o objetivo de institucionalizar a cooperação nos domínios da consultoria, da formação e da capacitação dos agentes da Administração Pública portuguesa, em especial com entidades diretamente relacionadas com o Ensino Superior.
- Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (2021)
- Conselho Coordenador dos Institutos Superiores Politécnicos (2021)
- Aliança para a Promoção da Excelência na Administração Pública (2021)
- Conselho Coordenador dos Institutos Superiores Politécnicos (2019)
- Instituto Universitário Militar (IUM)